Desa Haekto dibentuk dengan Keputusan Gubernur KDH Swatantra Tk. I Nusa Tenggara Timur Nomor: Und. 2/1/27 tanggal 4 November 1964 tentang Pembentukan Desa Gaya Baru di seluruh Daerah Swatantra Tingkat II dalam wilayah Daerah Satantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur dan ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Bupati KDH Tk. II Timor Tengah Utara Nomor DD.12/II.I tanggal 7 Mei 1969 mengenai Pembentukan Desa-Desa Gaya Baru di Kabupaten Timor Tengah Utara. Sejak dikeluarkannya keputusan tersebut maka dulunya yang dikenal dengan nama tamukung Ana Manikin B, berubah menjadi Desa yakni Desa Haekto.
Sejarah Haekto merupakan salah satu ketemukungan wilayah kevetoran Noemuti Swapraja Miomaffo sesuai dengan Keputusan Hindia Belandatanggal 31 Oktober 1933 di Kefamenanu. Tamukung Manikin Pertama di kepalai oleh Runiuk Ninu Dan oleh karena pertumbuhan penduduk yang begitu cepat, maka Pada tahun 1962, Tamukung Manikin kemudian dilebur menjadi 2 (Dua) tamukung yakni Tamukung Naek Manikin A, yang dikepalai oleh Usif Runiuk Ninu alias Tua Naijuf Runiuk dan Tamukung Ana Manikin B, dikepalai oleh Usif Welem Oe Ninu alias Tua Naijuf Oe. Pada tahun 1969, nama Tamukung Ana Manikin B, beralih menjadi Desa yaitu Desa Haekto (Desa Gaya Baru). Penduduk asli Desa Haekto berasal dari ‘Tobe Ninu, Metkono, T’none dan Laot, (Suku Ninu, Knaofmone, Farnesi, Nitsae, Manhitu, Sanith, Mn’ou, Tilis, Haumetan, Bano, Silab), dan suku lain yang terhimpun dalam satu kesatuan rumpun besar yang tak terpisahkan.
Desa Haekto mulai dari Tamukung dan Desa Gaya Baru hingga Revormasi, telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan atau Kepala Desa, yaitu:
- Tahun 1962 - 1982 dipimpin oleh Wilfridus Oe Ninu;
- Tahun 1982 – 1984 dipimpin oleh Dominggus Dacosta;
- Tahun 1984 – 1987 dipimpin oleh Lazarus Manue Rusae (Penjabat);
- Tahun 1987 – 1997 dipimpin oleh Yohanes Buk Sollo;
- Tahun 1997 – 2003 dipimpin oleh Ignasius Knaofmone;
- Tahun 2003 – 2015 dipimpin oleh Delfinus A. Fernandez;
- Tahun 2015 – 2017 dipimpin oleh Yoseph Ninu (Penjabat);
- Tahun 2017 – 2023 dipimpin oleh Laurensius Fini Knaofmone, s/d sekarang, dan akan berakhir masa jabatan, pada tanggal 30 Maret 2023.
- Tahun 2024 dipimpin oleh Laurensius Fini Knaofmone, s/d sekarang, dan akan berakhir masa jabatan, pada tanggal 30 Maret 2031.